หลายประเทศ รวมทั้งจีน เริ่มกล่าวถึงประเด็นเรื่องความมั่นคงทางอาหาร ทำให้ประเด็นข้าวดัดแปลงพันธุกรรม หรือข้าว GM ซึ่งถือเป็นเรื่องผิดกฎหมายมานานหลายปีในจีน ถูกนำมากล่าวถึงอีกครั้ง
เมื่อปี 2552 ข้าว GM สองสายพันธุ์ได้รับการรับรองให้ทดลองปลูกในแปลงเปิดในจีนได้ แต่ไม่อนุญาตให้จำหน่ายใทางการค้า เมื่อเดือนมกราคม 2554 กระทรวงเกษตรจีนกล่าวว่า ไม่อนุญาตให้ปลูกธัญพืชตัดต่อพันธุกรรมนอกแปลงทดลอง แต่เมื่อเดือนเมษายน 2554 กระทรวงสิ่งแวดล้อมจีนกลับระบุว่า จากการสำรวจร่วมกันของ 4 กรม พบว่า มีเมล็ดพันธุ์ดัดแปลงพันธุกรรมปรากฎในหลายจังหวัด เนื่องจากการจัดการที่ไร้ประสิทธิภาพ
นอกจากนี้ตั้งแต่ปี 2549 ถึงเดือนพฤษภาคม 2554 ระบบเตือนภัยอาหารและอาหารสัตว์ของสหภาพยุโรป ยังแจ้งเตือนการพบอาหารจากจีนปนเปื้อนข้าว GM มากถึง 115 ครั้ง นายฟาง ลี่เฟิง ผู้เชี่ยวชาญด้านเกษตรของจีน สมาชิกกลุ่มกรีนพีซ กล่าวว่า พบเมล็ดพันธุ์ GM ในจีนตั้งแต่ปี 2548 และเมื่อปี 2553 พบในตลาดจังหวัดหูเป่ย หูหนานและเจียงซี นักสิ่งแวดล้อมและนักวิทยาศาสตร์จีนบางรายออกมาเตือนถึงผลกระทบในระยะยาวที่ยังไม่สามารถทราบแน่ชัดของข้าว GM ต่อความหลากหลายทางชีวภาพและสุขภาพมนุษย์ นอกจากนี้ เมล็ดพืช GM มีราคาสูงกว่าเมล็ดปกติ 2-5 เท่า แต่ในแง่ของผลผลิตต่อไร่ไม่แตกต่างกันมากนัก
ปักกิ่งเป็นเมืองที่เห็นด้วยกับการใช้เทคโนโลยีชีวภาพ และอนุญาตให้ปลูกพืช GM หลายชนิด อาทิ ฝ้าย พริกไทย มะเขือเทศ และมะละกอ และให้นำเข้าถั่วเหลืองและข้าวโพด GM เพื่อใช้ในอุตสาหกรรมอาหารแต่สำหรับข้าวที่เป็นอาหารหลักของประชาชน 1.3 พันล้าน ยังคงเป็นประเด็นปัญหาที่อ่อนไหวอยู่ ผู้สนับสนุนข้าว GM กล่าวว่า ข้าว GM ทนต่อความแห้งแล้งได้ดีกว่า ทำให้ผลผลิตต่อไร่มากกว่าข้าวปกติ และหากมียีน Bt จะช่วยลดการใช้สารกำจัดศัตรูพืชอย่างมาก ราวปี 2555-2556 น่าจะได้รับอนุญาตให้จำหน่ายในทางการค้า แต่อาจไม่ได้รับอนุญาตให้ปลูกในปริมาณมาก
นอกจากนี้ ยังมีประเด็นเกี่ยวกับทรัพย์สินทางปัญญาของข้าว GM ที่ถูกพัฒนาขึ้นในจีน เนื่องจากยีน Bt ถูกจดสิทธิบัตรโดยบริษัท Monsanto ของสหรัฐฯ ไว้แล้ว จึงอาจมีการฟ้องร้องค่าเสียหาย หากว่าจีนมีการจำหน่ายทางการค้า
