กระทรวงเกษตรป่าไม้และประมงได้รายงานเมื่อวันเสาร์ที่ 13 พฤษภาคม 2549 ว่าได้มีการพบโรควัวบ้าในวัว (Dairy cow) ที่จังหวัดฮอกไกโด ซึ่งนับว่าเป็นการพบครั้งที่ 26 ในประเทศญี่ปุ่น วัวดังกล่าวเป็นเพศเมียอายุ 5 ปี 8 เดือน เลี้ยงในฟาร์มที่เมืองอิมากาเน ตายเมื่อวันพุธที่ 9 พฤษภาคม 2549
สัตว์ดังกล่าวเกิดในเดือนสิงหาคม 2543 ซึ่งเกิดก่อน ก่อนที่จะมีการห้ามการส่งออกส่วนของ meat-and-bone-meal ที่อาจเป็นสาเหตุของโรคดังกล่าวในปี 2544 วัวดังกล่าวได้ถูกสงสัยว่าได้รับการติดเชื้อโรควัวบ้าจึงได้นำไปตรวจที่ศูนย์บริการตรวจสอบในจังหวัดฮอกไกโด ซึ่งผลการตรวจสอบโดยสถาบันสุขภาพสัตว์แห่งชาติได้ระบุว่ามีเชื้อดังกล่าว
และในวันอังคารที่ 16 พฤษภาคม 2549 ญึ่ปุ่นและสหรัฐอเมริกาจะมีการหารือเกี่ยวกับขั้นตอนที่ต้องดำเนินการต่อไปเพื่อให้สหรัฐอเมริกาสามารถส่งออกเนื้อไปประเทศญี่ปุ่นได้อีกครั้ง ซึ่งในการหารือระดับสูงระยะเวลา 3 วัน ทางสหรัฐจะนำเสนอสถานการณ์และมาตรการในการผลิตสินค้าที่มีระบบในการป้องกันโรควัวบ้าด้วย
