เจ้าหน้าที่กักกันกระทรวงเกษตรอินโดนีเซียรายงานว่า การที่อินโดนีเซียได้จัดทำข้อตกลงทางการค้ากับคู่ค้าหลายประเทศได้ทำให้มีความเสี่ยงในการแพร่กระจายของโรคข้ามเขตแดนเพิ่มขึ้น ซึ่งทางกระทรวงฯ ได้เพิ่มมาตรการตรวจสอบสินค้าพืชสวนที่เข้มงวดเพื่อปกป้องผู้บริโภค ทั้งนี้ ตามข้อตกลงทางการค้า ประเทศที่ลงนามในสัญญาทุกประเทศจะต้องทำการตรวจสอบสินค้าพืชสวนตามมาตรการสุขอนามัยและสุขอนามัยพืชที่ปกป้องคน สัตว์ และพืช จากโรค ยาฆ่าแมลง และสารปนเปื้อน
ในปี 2561 อินโดนีเซียส่งออกโกโก้ มังคุด สละอินโด และกาแฟไปยังออสเตรเลีย สร้างมูลค่าได้ 668 ล้านดอลลาร์สหรัฐ และในปีเดียวกันนี้ยังได้ส่งออกแป้งมะพร้าว มะม่วง น้ำผึ้ง โกโก้ ชา และกาแฟ ในมูลค่า 3 พันล้านดอลลาร์สหรัฐไปยังจีนและฮ่องกง ตามความตกลงเขตการค้าเสรีอาเซียน–จีน (ASEAN-China FTA) ที่ได้ลงนามใน ปี 2545 กับอีก 11 ประเทศ ในขณะที่ ความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจ (Comprehensive Economic Partnership Agreement: CEPA) ระหว่างอินโดนีเซียกับสหภาพยุโรปกำลังดำเนินการเข้าสู่ขั้นตอนสุดท้ายและคาดว่าจะบรรลุเป้าหมายในปี 2562 นี้ ซึ่งจะสร้างมูลค่าเพิ่มและความสามารถการแข่งขันให้ผู้ส่งออกสินค้าเกษตรของอินโดนีเซีย
รัฐมนตรีกระทรวงเกษตร กล่าวว่า ปัจจุบันอินโดนีเซียส่งออกสินค้าพืชสวน 42 ชนิด โดยมีปริมาณส่งออกประมาณ 10,000 ตันต่อปี ไปยังประเทศคู่ค้าปลายทาง 12 ประเทศ ได้แก่ สิงคโปร์ มาเลเซีย ไทย ฮ่องกง จีน สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ ซาอุดิอาระเบีย ปากีสถาน อินเดีย บังกลาเทศ ออสเตรเลีย และนิวซีแลนด์ ซึ่งการส่งออกสินค้าเกษตรเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องหลังจากรัฐบาลปฏิรูปนโยบายหลายข้อ รวมถึงระบบใบอนุญาต และยกเลิกกฎระเบียบ 291 ฉบับ ที่อาจเป็นอุปสรรคในการออกเอกสารอนุญาตการส่งออก
อนึ่ง ในปี 2561 อินโดนีเซียส่งออกพืชสวนเพิ่มขึ้น 11.92% ไปยัง 113 ประเทศ สร้างมูลค่ามากกว่า 5 ล้านล้านรูเปียห์ ส่งออกผักเพิ่มขึ้น 4.8% ส่งออกดอกไม้เพิ่มขึ้น 7.03% และส่งออกผลไม้เพิ่มขึ้น 26.27%
