งานวิจัยจากสมาคมคุ้มครองผู้บริโภคเนเธอร์แลนด์เปิดเผยว่าอาหารปลอดกลูเตนหลายรายการอาจมีปริมาณน้ำตาลและเกลือสูงซึ่งเสี่ยงต่อโรคอ้วน รวมทั้งมีคุณค่าทางอาหารต่ำกว่าอาหารที่มีกลูเตนตามปกติ ซึ่งประธานกลุ่มผู้ป่วยโรคแพ้กลูเตนของเนเธอร์แลนด์ได้กล่าวว่าต้องการให้ลดสารอาหารที่ไม่จำเป็นต่อร่างกาย โดยเฉพาะปริมาณน้ำตาล คาร์โบไฮเดรต และไขมันในอาหารสำเร็จรูป แต่ควรเพิ่มสารอาหารที่มีคุณค่าทางโภชนาการให้มากขึ้น เนื่องจากการรับประทานอาหารปลอดกลูเตนไม่ใช่ปัจจัยสำคัญที่ทำให้ผู้ป่วยแพ้กลูเตนมีสุขภาพที่ดีขึ้น
ทั้งนี้ ทางสมาคมอุตสาหกรรมอาหารปลอดกลูเตนได้กล่าวถึงความท้าทายทางเทคนิคเพื่อพัฒนาอาหารปลอดกลูเตนให้มีคุณค่าทางโภชนาการเท่าอาหารปกติด้วย
