ในส่วนของไทยจะมีการหารือทวิภาคีกับรัฐบาลฟิลิปปินส์ ประเด็นการชดเชยการลดภาษีข้าวภายใต้กรอบการค้าเสรีอาเซียน (AFTA) ซึ่งมีกำหนดกรอบระยะเวลาในการลดภาษีสินค้าข้าวให้เหลือ 0% ในวันที่ 1 มกราคม 2553 แต่รัฐบาลฟิลิปปินส์ขอคงอัตราภาษีเหลือ 5% แต่จะให้ชดเชยในการส่งออกข้าว 50,000 ตัน ในปี 2553 กับไทยในฐานะประเทศผู้ส่งออกข้าว เพื่อเป็นการแลกเปลี่ยนกรณีที่ฟิลิปปินส์ไม่สามารถปฏิบัติตามข้อตกลงการลดภาษีภายใต้อาฟต้าได้ หลังจากนั้นจะให้มีการเจรจาทบทวนปริมาณโควตาข้าวทุกปี แต่กระทรวงพาณิชย์ไม่ได้ตอบรับข้อเสนอของฟิลิปปินส์ เพราะปกติไทยส่งออกข้าวไปฟิลิปปินส์ ปีละ 2-3 แสนตัน ซึ่งไทยควรจะได้รับการชดเชยมากกว่านั้น โดยอาจจะเสนอให้มีการคำนวณโควตาข้าวจากปริมาณการส่งออกไปยังฟิลิปปินส์ย้อนหลัง 3 ปี ซึ่งน่าจะได้ราว 3.6 แสนตัน
ฟิลิปปินส์ เป็น 1 ใน 3 ประเทศที่ยังไม่ปฏิบัติตามข้อตกลงการเปิดเสรีอาฟต้า ได้ยื่นข้อเสนอตารางการลดภาษี โดยจะคงอัตราภาษีสินค้าข้าวที่ 40% ตั้งแต่ปัจจุบันจนถึงปี 2557 และลดลงเหลือ 35% ในปี 2558 แต่ไทยไม่สามารถรับได้ เพราะอัตราภาษีสุดท้ายยังสูงกว่าอาเซียนอื่น ที่จัดสินค้าข้าวไว้ในบัญชีสินค้าอ่อนไหวสูง เช่นมาเลเซีย จะลดภาษีเหลือ 20% ในปี 2553 ส่วนอินโดนีเซีย จะลดเหลือ 25% ในปี 2558
อย่างไรก็ตาม ในการประชุมรัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียน (AEM) และคณะมนตรีเขตการค้าเสรีอาเซียน (AFTA Council) เมื่อวันที่ 13 สิงหาคม 2552 ที่กรุงเทพฯ ที่ประชุมได้เรียกร้องให้สมาชิกปฏิบัติตามข้อตกลง โดยเฉพาะการลดภาษีสินค้าอ่อนไหวสูงตามที่ผูกพันไว้ เพราะหลายประเทศยังไม่ลดภาษีตามที่กำหนด ซึ่งจะทำให้การรวมกลุ่มเป็นประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (AEC) อาจต้องล่าช้าออกไปจากเป้าหมายในปี 2558
ส่วนประเทศอื่น ๆ ที่ยังมีปัญหาการลดภาษี คือ อินโดนีเซีย มีข้าว และน้ำตาล โดยข้าวจะลดภาษีนำเข้าเหลือ 25% ในปี 2558 น้ำตาล ลดจาก 30-40% เป็น 5-10% ในปี 2558 มาเลเซีย มีข้าว ที่จะลดจาก 40% เป็น 20% ในปี 2553 ส่วนสินค้าอ่อนไหวอื่น ๆ อาเซียนเดิม 6 ประเทศ (ไทย ฟิลิปปินส์ อินโดนีเซีย มาเลเซีย สิงคโปร์ และบรูไน) ตกลงจะลดเหลือ 0-5% ในปี 2553 ยกเว้นอาเซียนใหม่ (พม่า ลาว กัมพูชา และเวียดนาม) ที่จะช้าออกไป โดยไทยมีสินค้าอ่อนไหว 7 รายการ ผลจากการที่ทั้ง 3 ประเทศไม่ยอมปฏิบัติตามข้อตกลง จะทำให้ไทยซึ่งเป็นผู้ส่งออกทั้งข้าว และน้ำตาลจะได้รับผลกระทบทันที
